El 16 de abril de 1859 se fundó Villa Independencia oficialmente aunque la creación de la ciudad comenzó años antes. A raiz del comercio de Gualeguaychú y el poco calado del puerto, se entendió que en la otra orilla las barrancas ofrecian un puerto de mayor profundidad y es de esa manera que comienza a generarse la llegada a la zona de comerciantes que visualizaban un gran futuro. José Hargain es considerado el primer poblador ya que fue el quien instaló la primer hosteria con el permiso de la familia Haedo (propietaria de las tierras). En 1858, un grupo de empresarios uruguayos, ingleses, alemanes e irlandeses, provenientes de Montevideo, compraron las tierras y donaron al gobierno uruguayo las manzanas suficientes como para fundar allí lo que inicialmente se llamó "Villa Independencia", hecho que ocurrió el 16 de abril de 1859. 

En 1861 llegó a la zona, el ingeniero belga George Giebert que trajo la idea de crear el extracto de carne, elaborado por la fórmula del químico aleman Justus Von Liebigs. El producto fue famoso en todo el mundo y en las dos guerras, la ciudad fue considerada "la cocina del mundo". 

La industria frigorífica marcó el desarrollo de la ciudad y el Anglo es marca registrada hasta hoy en día en los pobladores. El decaimiento de las exportaciones ocasionó el cierre de la fábrica tras un siglo de funcionamiento, y tras pasar de manos alemanas a manos inglesas para finalmente llegar a manos uruguayas. 

La ciudad ha tenido desde entonces esa lucha interna de buscar un nuevo rumbo. La población acostumbrada por decadas a ser de clase obrera no ha desarrollado una cultura empresarial y en los últimos años ha sentido esa ausencia de emprendedurismo. Los índices de desocupación más altos del país y también los índices más altos de deserción estudiantil hace que la ciudad atraviese un período complejo. 

La instalación de la pastera Botnia, hoy UPM, hizo generar un gran movimiento económico en la construcción, pero luego llegó nuevamente el decaimiento económico. Asimismo esto trajo un conflicto ambiental y luego aprovechado políticamente con Gualeguaychú, y el turismo que era otro de los aspectos a desarrollar en la ciudad decayó por el bloqueo en la ruta 136, teniendo el puente sin pasaje de turistas y vecinos. 

Fray Bentos (denominada así desde 1900) ha tenido hitos históricos. Se creó la industria del extracto de carne. Además fue el primer lugar en el Uruguay donde se encendió la luz eléctrica. 

Tiene el primer Canal de televisión del interior, Río Uruguay Televisión Canal 12, fue fundado el 26 de mayo de 1966. 

Además tuvo en la decada de los 90 la llegada de la televisión por cable, siendo la primera ciudad en tener este servicio. 

Otro hecho que marcó a la ciudad fue el asesinato del doctor Vladimir Roslik el 16 de abril de 1984, siendo este el último crimen en dictadura militar. Roslik oriundo de San Javier, fue detenido el 15 se abril y traslado al Batallon No 9, donde fue torturado y murió a causa del castigo recibido.

Fray Bentos es una ciudad que recuerda el pasado con nostalgia, pero que espera que el futuro cambie. Será tarea de todos los fraybentinos escribir el nuevo rumbo.